بی‌تردید بزرگترین مشکل استقلال اختلاف بعضی از مدیران این تیم با پرویز مظلومی است. هرچند مظلومی موفق شده تا پایان هفته هفدهم لیگ  استقلال را به عنوان صدنشین معرفی کند اما در همین مدت هم مقداد نجف‌نژاد رییس هیأت مدیره باشگاه و البته مسعود معینی فنی ترین عضو هیأت مدیره انتقادهایی گاه و بی گاهی از سرمربی استقلال کرده‌اند. در این بین گفته می‌شود در اول فصل هم بهرام افشارزاده سرپرست باشگاه استقلال هرگز موافق انتخاب مظلومی نبود و او هم در این مدت همکاری لازم را با بازیکنان نکرده است.
 
در اختلاف بین سرمربی و بعضی از اعضای هیأت مدیره همین را بس که روز چهارشنبه پرویز مظلومی فانتون توسکی را از حضور در تمرینات استقلال جواب کرد اما با تماسی یکی از مدیران استقلال او از فرودگاه برگشت و حالا در آستانه عقد قرارداد با این تیم قرار گرفته است، بازیکنی که نیم فصل بدون تیم مانده بود و به هرحال حداقل از نظر آمادگی نمی تواند در شرایط ایده آلی باشد.
 
اما این تمام ماجرا نیست. بهرام افشاررزاده در این روزها هرگز رابطه خوبی با علی نظری جویباری، معاون باشگاه ندارد. او هرکاری می کند که نظری را از کار برکنار کند و باید دید آیا در این کار موفق می شود یا نه.
 
اما موضوع اسپانسر باشگاه هم در این روزها یک اختلاف بزرگ میان اعضای هیأت مدیره این باشگاه به وجود آورده است. شاهرخ سبک دست به عنوان اسپانسر باشگاه در این مدت موفق نشده به تعهدات خود عمل کند و عده‌ای از اعضای هیئت مدیره  اعتقاد دارند باید قرارداد باشگاه با او لغو شود و عده از اعضا هم بر این باور هستند در شرایط فعلی شرایط برای جذب اسپانسر وجود ندارد و باید سبک دست به کارش ادامه دهد. این ماجرا در حال حاضر شکاف عمیقی بین اعضای هیأت مدیره باشگاه استقلال به وجود آورده است.
 
در روزهایی که استقلال بیش از هر زمان دیگری به اتحاد نیاز دارد، مشکلات مالی بازیکنان بارها تمرینات این تیم را تا پای اعتصاب پیش برده است. هرچند بازیکنان روز گذشته چک 20 درصد از قراردادشان را از افشارزاده دریافت کردند اما خیلی از بازیکنان امید ندارند این چک‌ها پاس شود.
 
استقلال با بازیکنان جوانی که در اول فصل جذب کرد خیلی‌ها را امیدوار به کسب نتایج خوب کرد اما اختلاف داخلی در این باشگاه می تواند به قیمت از دست دادن صدر جدول رده بندی تمام شود.